Per molti immigrati l'arrivo a Ellis Island sarebbe durato da una settimana a qualche mese. Se c'era una preoccupazione per un passeggero che aveva a che fare con un problema legale o medico, il passeggero veniva rimosso e trattenuto in uno dei quartieri ospedalieri dell'edificio adiacente all'ingresso del piano principale. A seconda della situazione, la persona sarebbe stata trattenuta sull'isola per una settimana o un mese o sarebbe stata deportata nel suo paese d'origine. L'ospedale dell'isola era uno dei più grandi ospedali di sanità pubblica degli Stati Uniti. C'erano ventidue edifici ospedalieri distribuiti su due isole. Grazie allo status dell'ospedale e al suo dimensionamento del personale che impiegava oltre 300 medici, infermieri e altro personale medico, l'ospedale era ben noto per attirare osservatori medici dall'Europa degli Stati Uniti.