עבור רבים הגעתו המהגרים באליס איילנד היתה מוכנה להימשך משבוע לכמה חודשים. אם הייתה דאגה לנוסע שהיה צריך לעשות עם החוק או הרפואי הנוסע יוסר ויתקיים באחד ממגורי בית החולים בבניין הממוקם בסמוך לכניסה הראשית. בהתאם למצב שהאדם היה מוחזק על האי במשך שבוע או חודש או להיות מגורש חזרה לארצו המקורית. בית החולים באי היה אחד מבתי החולים הגדולים ביותר בבריאות הציבור בארצות הברית. עשרים ושני מבני בית חולים התפזרו על פני שני איים. בשל מעמדם של בית החולים ושינוי הצוות שלו שהעסיק מעל 300 רופאים, אחיות וצוות רפואי אחר, בית החולים היה ידוע לצייר משקיפים רפואיים מארצות הברית אירופה.