Pour beaucoup d'immigrants, l'arrivée à Ellis Island durait entre une semaine et quelques mois. Si un passager suscitait des inquiétudes d'ordre juridique ou médical, il était renvoyé et retenu dans l'un des quartiers de l'hôpital situé à côté de l'entrée principale. Selon la situation, la personne est soit maintenue sur l'île pendant une semaine ou un mois, soit expulsée vers son pays d'origine. L'hôpital de l'île était l'un des plus grands hôpitaux de santé publique des États-Unis. Il y avait vingt-deux bâtiments hospitaliers répartis sur deux îles. En raison du statut de l'hôpital et de son effectif qui comptait plus de 300 médecins, infirmières et autres personnels médicaux, l'hôpital était bien connu pour attirer des observateurs médicaux des États-Unis et de l'Europe.