Für viele Einwanderer würde die Ankunft auf Ellis Island zwischen einer Woche und einigen Monaten dauern. Wenn es ein Anliegen mit einem Passagier gab, das mit rechtlichen oder medizinischen Fragen zu tun hatte, wurde der Passagier entfernt und in einem der Krankenhausquartiere des Gebäudes festgehalten, die sich neben dem Haupteingang im Erdgeschoss befanden. Je nach Situation würde die Person entweder für eine Woche oder einen Monat auf der Insel festgehalten oder in ihr ursprüngliches Land zurückgeschickt werden. Das Krankenhaus auf der Insel war eines der größten öffentlichen Gesundheitskrankenhäuser der Vereinigten Staaten. Es gab zweiundzwanzig Krankenhausgebäude, die auf zwei Inseln verteilt waren. Aufgrund des Status des Krankenhauses und der Größe des Personals, das über 300 Ärzte, Krankenschwestern und anderes medizinisches Personal beschäftigte, war das Krankenhaus dafür bekannt, medizinische Beobachter aus den Vereinigten Staaten und Europa anzuziehen.