بالنسبة للعديد من المهاجرين الذين يصلون إلى جزيرة إليس سوف تستمر في أي مكان من أسبوع واحد إلى بضعة أشهر. إذا كان هناك قلق مع راكب له علاقة بالقانونية أو الطبية سيتم نقل الراكب واحتجازه في أحد أحياء مستشفى المبنى الواقعة بجوار مدخل المستوى الرئيسي. وتبعا ً للحالة، يُحتجز الشخص في الجزيرة لمدة أسبوع أو شهر أو يُرحَّل إلى بلده الأصلي. كان المستشفى في الجزيرة أحد أكبر مستشفيات الصحة العامة في الولايات المتحدة. كان هناك 22 مبنى مستشفى موزعة على جزيرتين. ونظرا لوضع المستشفى وتحجيم عدد الموظفين الذين استخدموا أكثر من 300 طبيب وممرضة وموظفين طبيين آخرين، كان من المعروف جيدا أن المستشفى استعين بمراقبين طبيين من الولايات المتحدة في أوروبا.